Le Prix des lycéens a été lancé en 1993 par Anne-Marie Beckers, inspectrice de français et un professeur du Lycée d’Armentières, dans le Nord de la France. Dix romans récents d’écrivains belges et français avaient été proposés à trois cents élèves de part et d'autre de la frontière. Pour éviter toute tentation de chauvinisme, deux prix furent attribués : le prix belge à Francis Dannemark pour Choses qu’on dit la nuit entre deux villes et le prix français à Daniel Pennac pour La petite marchande de prose.
En 1995 (le prix est biennal), Bernard Tirtiaux remporta le prix belge avec Le passeur de lumière et Remo Forlani le prix français avec Valentin tout seul . Les élèves attribuèrent également des prix spéciaux tels que le prix du " roman le plus innocemment pervers " au Sabotage amoureux d’Amélie Nothomb ou encore celui de " l’héroïne la plus avide de sensations " à Comment font les autres ? d’Ariane Le Fort.
En 1997, l'organisation du prix connaît un changement : il est désormais ouvert aux élèves des trois réseaux d'enseignement de la Communauté française de Belgique. C'est aussi la dernière édition franco-belge du Prix des lycéens qui couronne Le jeu du roman de Louise L. Lambrichs.
En 1999, ce ne sont plus cinq mais six romans que l'on soumet au jury qui s’élargit considérablement : il est composé d'environ sept cents élèves. Ils portent en triomphe Antigone d'Henry Bauchau.
Le succès du Prix des lycéens se confirme d'une édition à l'autre. Ainsi, en 2001, c'est un jury de 1500 participants qui plébiscite deux lauréats ex-aequo : Nicolas Ancion pour 4ème étage et Vincent Engel pour Oubliez Adam Weinberger.
2000 élèves ont participé au Prix des lycéens 2003, remporté par Armel Job, auteur d'Helena Vanneck.
L'édition 2005 du prix a rassemblé 2300 jeunes jurés qui ont plébiscité "La seconde vie d'Abram Potz" de Foulek Ringelheim, ex-aequo avec "La grande nuit" d'André-Marcel Adamek.
Pour sa huitième édition, le Prix des lycéens a atteint les 3000 participants. Ceux-ci ont offert à Bernard Tirtiaux sa deuxième victoire pour son roman Pitié pour le mal.
2009 est l'année du couronnement du premier roman de Tuyêt-Nga Nguyên, Le journaliste français, inspiré de son enfance au Vietnam. Cette neuvième édition marque un retour à la recette d'origine: afin de répondre au souci des professeurs de ne pas surcharger un programme scolaire déjà bien rempli, la sélection est ramenée de six titres à cinq.
Les 2700 élèves jurés inscrits à la dixième édition du Prix plébiscitent massivement Armel Job qui, après avoir été couronné une première fois en 2003 avec Helena Vannek, reçoit son second trophée de cristal pour Tu ne jugeras point. Il rejoint ainsi Bernard Tirtiaux dans le club très fermé des auteurs primés à deux reprises par les jeunes lecteurs.
